Події розгортаються в світі, паралельному подіям "Доля/Ніч битви", де Святий Ґрааль загадково зник із міста Фуюкі після Третьої війни. Після багатьох років тиші, до часів, коли мала відбуватися П'ята війна Святого Ґрааля, родина магів Іґдлменія віддалилася від Асоціації Магів, будучи одержима власними пошуками Ґрааля. Асоціація надсилала п'ятдесятьох магів щоб повернути їх, але всі вони були вбиті таємничим слугою, який залишився для активації резервної системи Великого Ґрааля, що дасть змогу викликати чотирнадцятьох слуг. У місті Тріфас боротимуться за володіння священним артефактом дві фракції, кожна з яких має свою команду слуг: Чорна фракція, членами якої є родина Іґдлменія, мета якої охороняти Ґрааль, та Червона фракція, члени якої надіслані Асоціацією магів із метою повернути Ґрааль. Для контролю над подіями, Великий Ґрааль викликає власного слугу класу Рулер, який і стане наглядачем цієї війни. Цим і починається Велика війна Святого Ґрааля.